萬福寺位於黃檗山麓,距福州約70公里,為全國重點寺廟。始建於唐德宗貞元五年(789年),此後,萬福寺幾經興衰,至“文革”期間,寺宇毀壞盡。中共中央十一界三中全會之後,重修萬福寺,使這個東南沿海名剎呈現新輝。
萬福禪寺歷代高僧輩出,尤其是隱元禪師,於清順治十一年(1645年)東渡日本後,把建築、雕塑、書法、印刷、醫藥、音樂等大量先進文化傳入日本,並在日本發展黃檗禪宗,1867年,日本黃檗宗衍為十一派,嗣法者4648人,成了日本佛教的一大盛宗。黃檗山萬福寺也因此而成為日本黃檗宗的祖庭。
現山門、天王殿、鐘鼓樓、大雄寶殿、法堂、禪堂、隱元紀念堂等皆輪換一新。1997年12月8日,隆重舉行重建落成暨佛像開光慶典。現寺中文物尚遺石槽三口,其中宋代一口有“僧淳生為四恩三有舍,慶曆五年己酉(1045年)七月造,住持沙門復其”的題刻。
萬福寺位於福清漁溪鎮西北,一代高僧隱元禪師住持,使該寺一度成為東南沿海名剎和福建佛教文化中心。後隱元卒弟子東渡弘法,在日本京都建萬福寺創立了黃柒宗,留下中日文化交流的佳話。